История этого величественного храма началась с посвящения Святому Праведному воину Фёдору Ушакову, но судьба уготовила ему иное имя. В 2010 году, 31 мая, Священный Синод поддержал инициативу Центра национальной славы России и Фонда святого апостола Андрея Первозванного — освящать пограничные храмы в честь Святого Благоверного князя Александра Невского. Так строящийся в Балтийске собор обрёл новое имя и особый статус Патриаршего подворья.

12 октября 2011 года стало знаменательной датой — Святейший Патриарх Кирилл торжественно освятил храм, возведённый благодаря щедрому финансированию Уральской горно-металлургической компании и под духовным руководством епископа Балтийского Серафима.

Архитектурный ансамбль продолжает расширяться: к юго-западу от основного здания заложена колокольня, строительство которой к ноябрю 2012 года находилось на начальной стадии — её высота пока не превышала нескольких метров.

Особого внимания заслуживает цокольный этаж храма, где расположился Культурно-просветительский центр Патриаршего подворья — место, где духовные традиции встречаются с просветительской деятельностью.