Возведенная в 1866 году кирха в Пиллау (ныне - Балтийск) стала ярким образцом неоготической архитектуры с характерными стрельчатыми окнами, придающими зданию устремленность ввысь. В 1934 году храм пережил масштабную реконструкцию, изменившую его облик.

Апрель 1945 года стал трагической вехой в истории кирхи - во время штурма Пиллау здание получило серьезные повреждения. В послевоенные годы его судьба складывалась непросто: сначала здесь размещался клуб моряков, затем - военный склад, пока в начале 1990-х годов храм не обрел новое духовное предназначение.

14 июня 1992 года митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл освятил здание как Кафедральный Свято-Георгиевский морской собор Балтийского флота. Особую значимость храму придало событие 2001 года, когда сюда были торжественно перенесены частицы мощей прославленного адмирала Фёдора Ушакова, канонизированного Русской Православной Церковью.

Признанием исторической ценности здания стало присвоение ему в 2007 году статуса объекта культурного наследия регионального значения. А 7 мая 2010 года у входа в храм появился памятный камень с обещанием создания Аллеи Славы в честь моряков, отдавших жизни за Родину в битвах на Балтике.