Первый камень в основание новой кирхи был заложен в 1883 году в честь 300-летия получения Инстербургом городских прав. Строительство протестантской реформаторской кирхи в новороманском стиле началось на Маркграфен-платц в 1886 году по проекту кёнигсбергского архитектора Фридриха Адлера. Кирха была освящена 24 апреля 1890 года. Её западную часть украшает башня высотой 65,8 метра, а с восточной стороны расположены две башни высотой 33 метра с лестницами. Витражи были изготовлены мастерской Ц. Л. Тюрке в Циттау, роспись стен выполнил художник Я. Борновски из Эльбинга, а орган был установлен мастером М. Телецки из Кёнигсберга.

После войны здание кирхи использовалось как склад, клуб и спортивный зал детско-юношеской спортивной школы, но неоднократно страдало от пожаров. Из-за отсутствия должного ухода к концу 1980-х годов здание оказалось в аварийном состоянии.

В 1989 году кирха была передана Русской Православной Церкви. Фрески для нового храма выполнил выпускник Черняховской художественной школы Александр Милованов. 2 мая 1992 года митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл освятил храм в честь Архангела Михаила. Сейчас это кафедральный собор Черняховской епархии, образованной 21 октября 2016 года и подчиняющейся Калининградской митрополии.